Tomás de Torquemada est né en 1420, dans le nord de l'Espagne. C'est à Valladolid qu'il grandit, et, comme son oncle le Cardinal Juan de Torquemada, il devint moine dominicain dans le couvent San Pablo de la ville. Il fut nommé à un âge encore jeune prieur du monastère de Santa Cruz à Ségovie, une fonction qu'il occupa pendant 22 ans (1460-1482).
Renommé pour son austérité, sa dévotion et son érudition, il devint confesseur de la princesse Isabelle, héritière de la Castille, alors qu'elle n'était encore qu'une enfant. Il entreprit de lui inculquer le devoir qu'elle aurait, en tant que futur souveraine, de défendre l'unité religieuse du Royaume, et le bénéfice politique qu'elle pourrait en retirer.
Après avoir épousé Ferdinand II d'Aragon en 1469, elle fut couronnée reine en 1474. Torquemada était très proche des souverains, devenant également confesseur du roi, mais il refusa les postes qui lui étaient proposés, comme le riche évêché de Séville, et se contenta d'une fonction de conseiller. En grande partie à son instigation, ceux que l'on surnommera "les rois catholiques" décidèrent de mener une politique religieuse coercitive, au nom de l'unité de l'Espagne. Ils convainquirent le pape Sixte IV de réorganiser les tribunaux d'inquisition en Espagne, et de les placer sous le contrôle exclusif de la Couronne.
En 1483, Torquemada est nommé Grand Inquisiteur par une bulle papale. Il occupera cette fonction jusqu'à sa mort en 1498, s'acquittant de sa mission avec un zèle redoutable et une détermination implacable.
Avec l'aide de légistes, il rédigea un "code de l'inquisiteur" de vingt-huit articles, qu'il promulgua le 29 novembre 1484 à l'occasion de l'assemblée générale des inquisiteurs à Séville. Il travaillera jusqu'à sa mort à affiner ce code en fonction de l'expérience acquise.
Torquemada joua également un rôle décisif d'initiateur dans la Reconquista de l'Espagne musulmane, ainsi que dans la persécution et l'expulsion des Juifs d'Espagne en 1492.
A la fin de sa vie, il se retira au couvent Saint-Thomas d'Ávila, qu'il avait fait construire, reprenant la simple vie de frère, tout en continuant d'occuper la fonction de Grand Inquisiteur et de réfléchir aux meilleures règles pour conduire et encadrer l'Inquisition. Il reçut à plusieurs repris la visite des souverains. En 1498, il présida à sa dernière assemblée générale des inquisiteurs.
Il mourut le 16 septembre 1498.
